yo tengo problemas con mplayer y compiz-fusion, y al final opté por hacerme un mini-script para activar y desactivar compiz. Ahora mismo tengo que estar en windows, así que por ahora te pongo el script de memoria, si no va o alguien ve que he metido el cuezo pues que comente:
#!/bin/bash
if pidof metacity
then
compiz --replace &
else
metacity --replace &
fi
En mi caso lo llamé switchcompiz.sh, luego dar permisos de ejecución
chmod ug+x switchcompiz.sh
y llevárselo a alguna carpeta que esté en el path como por ejemplo /bin/
sudo mv switchcompiz.sh /bin/
y ya está. si además quieres crear un lanzador o algo así, con decirle que lance switchcompiz.sh lo activa si está desactivado y vice versa.
Si tienes la costumbre de ejecutar desde consola y te molesta que te vaya a estar tirando mensajes en la terminal, modifica el script poniendo
compiz --replace >/dev/null >2 /dev/null &
y lo mismo con el comando de metacity.
Edito, es cierto, se me había ido la pelota y estaba pensando en gnome. Lo que tienes que iniciar no es el entorno gráfico sino el manejador de ventanas voy a ver cuál es el de xfce.