Si, los archivos tuyos así como las configuraciones de los programas están en /home, puedes recuperarlo cuando instales Intrepid Ibex, simplemente poniendo dicha partición como punto de montaje /home y sin formatearla. Pero para eso supongo que tendrás el /home separado.
Sobre la autodestrucción de Ubuntu, pues yo si lo he vivido, normalmente viene a ser porque tienes repositorios añadidos como por ejemplo el git de compiz, para tenerlo lo más actualizado posible pero claro, si dichas versiones no estan en los repos de ubuntu es porque aún no han sido testeados a fondo y pueden ser inestables. Esa muerte la viví yo con una actualización de Compiz, actualicé, y a los 3 dias reinicie el pc, y cuando se encendio estaba ya muerto el Ubuntu.
Te recomiendo que instales Intrepid Ibex cuando salga.
todos mis archivos se guardan en /home cierto? 
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