Yo en el menú K, tengo un icono que permite hacerlo, es Gestor de archivos - Modo Superusuario. No sé si Ubuntu lo tendrá.
Cuando hice lo de los skins de msn, lo tuve que hacer por consola, ya que no conocía esta utilidad.
Te logueas como root en consola, si quieres poner un skin, y lo tienes en Desktop, te situas en Desktop y haces: cp -r CarpetaSkin /usr/share/amsn/skins