Te comento que lo que tienes es un raid bios, que es una chapucilla para que Windows pueda usar Raid desde la instalación.
También existen los "raid hardware", pero la mayoría llevan realmente un linux embebido que hace de raid.
Por último están los raid software, que son los buenos, los que más libertad te aportan, y los que lógicamente usa linux.
Además te comento que Windows es de los pocos sistemas operativos que se apoyan totalmente en la bios para trabajar con el hardware. Los demás sistemas operativos lo primero que hacen es machacar la bios con sus propias rutinas, totalmente optimizadas para sí mismo. Por eso si alguna vez te cargas una bios, si consigue arrancar el pc, linux funcionará perfectamente, mientras que Windows te dará bonitos mensajes en color azul ó rojo. Y por eso linux no usa los raid bios.
Por mi propia experiencia, que es poca, la verdad, los raid software son los mejores, y los que más velocidad aportan. Yo mismo tengo un raid 0 con un disco duro ata 133 y un sata2 que me da una velocidad de transferencia de 107 MB/s, y no he tenido que sudar para montarlo, ni mucho menos, es muy sencillo.
Y en cuanto a tu pergunta, lo siento, pero no se pueden mezclar raid windows + linux. Deberías comprar otro disco duro para tenerlo con linux solamente, aunque a lo mejor no te interesa el gasto, pero de todas formas, si quieres instalar Windows Vista vas a tener que gastarte pasta en hardware ...
