Esto es lo que te pasa por sacar una unidad flash sin desmontarla (AKA "extraer con seguridad").
Deberías hacerlo SIEMPRE.
Windows, por defecto, sacrifica un poco de rendimiento al no usar caché en los discos extraíbles FAT16 y FAT32 para que puedas sacarlos cuando quieras, siempre que no tengas ningún archivo abierto, etc.
Linux, en cambio, *no hace eso*. Siempre utiliza caché, lo que significa que los archivos que acabas de arrastrar sobre tu unidad flash puede que no estén ahí como parecería en un principio, si no que aún se estén copiando, o se hayan pospuesto para otro momento.
En conclusión: hasta el momento en el que le das a Extraer, no puedes saber con seguridad que tus datos están ahí. Sacar el pendrive sin extracción segura en linux suele conllevar que algo quede sin escribir, siendo el sistema de archivos una víctima en potencia.