Hola,
Hay una utilidad llamada fixparts que está incluida en el paquete gdisk y que debería solucionar este problema. Si el paquete gdisk no está instalado, basta con abrir una consola y ejecutar:
sudo apt-get install gdisk
Antes de ejecutar fixparts, es importante desmontar las particiones del HDD que pudieran estar montadas. Una vez hecho esto ya podemos ejecutarlo:
sudo fixparts /dev/sdX
En el parámetro deberemos sustituir la X por la letra correspondiente al HDD, que normalmente suele ser la "a".
Una vez ejecutado, fixparts mostrará un mensaje similar a este:
FixParts 0.8.1
Loading MBR data from /dev/sdX
NOTICE: GPT signatures detected on the disk, but no 0xEE protective partition!
The GPT signatures are probably left over from a previous partition table.
Do you want to delete them (if you answer 'Y', this will happen
immediately)? (Y/N):
Presionamos "Y" para indicarle que si y luego "q" para salir.
Ahora, el instalador y gparted ya deberían reconocer correctamente la tabla de particiones.
Un saludo