Eso durante la instalacion, lo haces sin problemas, asegurate de que el/los discos duros esten en sistema de archivos correcto, o almenos las particiones.
YO hace tiempo, tenia 3 HDD,s y lo tenia mas o menos asi.
1º HDD, 80Gb, tneia el punto de montaje /, ademas de la SWAP, y el /var, /boot, y alguno mas definido.
2º HDD, 320Gb, Esclusivo para el /home
3º HDD, 80Gb, lo tenia en 2 particiones, una para el /tmp de unos 20Gb aprox y el resto para el WindowsXP
y nunca tube problemas, el sistema funcionaba genial.
Ahora tengo un PC, un AcerAspire X1700, solo tiene un HDD de 320Gb, y lo tengo asi:
una particion para el /
otra para el /home
otra para la swap de 2Gb
y otra de 20Gb para Windows 7
$ df -h
S.ficheros Tamaño Usado Disp Uso% Montado en
/dev/sda1 33G 5,9G 25G 20% /
udev 881M 264K 880M 1% /dev
none 881M 116K 880M 1% /dev/shm
none 881M 200K 880M 1% /var/run
none 881M 0 881M 0% /var/lock
none 881M 0 881M 0% /lib/init/rw
/dev/sda5 244G 8,8G 223G 4% /home
$ swapon -s
Filename Type Size Used Priority
/dev/sda6 partition 2000052 0 -1
donde pone "none" y "udev" es el sistema quien me las a puesto de manera automatica