Si haces un "sudo updatedb" y luego un "locate apt.conf" te aparecerá un directorio dentro de /etc/apt/ llamado apt.conf.d, con varios archivos dentro que al parecer tienen la configuración de apt. También me aparece un fichero llamado "/var/lib/dpkg/info/apt.conffiles" que dentro tiene una linea con la dirección "/etc/cron.daily/apt", que parece que también tiene algún tipo de configuración.
No te puedo dar más pistas porque nunca necesité cambiar nada de apt, pero échale un vistazo a los directorios que te digo y de paso al manual de apt.conf, a ver si consigues sacar algo en claro. Cuéntanos lo que consigues que siempre es interesante saberlo.
Salu2