Yo lo he usado un tiempo en ext3, pero se me cargó el journal, de manera que ahora lo tengo como ext2, y no me ha dado ningun problema.
Por cierto, lo uso en un disco duro externo, la ventaja es que puedes guardar archivos mas grandes de 4GB y tambien me da la sensación de que no se fragmenta tanto como fat32 (tampoco es ningún mérito)