Para la pregunta 1) tienes que establecer el directorio de las ROMS en Retroarch, búscalo en las opciones que anda por ahí.
Para la 2) tienes que crear un fichero en /usr/share/xsessions/ como los que existen y en el EXEC, tendrás que llamar a algún script que te carge gnome-session y luego retroarch, o puedes intentarlo en directo llamando a retroarch en el exec, pero dudo que llamando solo a retroarch carge
Toma como ejemplo otro fichero de los que se encuentran en xsessions
Creo que como minimo neceistas 1 NAME y el EXEC de los parámetros del fichero para que funcione.
Suerte!