Yo hace tiempo hice copia de mis partidas a un USB precisamente para usarlas en el emulador como quieres hacer tú. Si no recuerdo mal, usé la opción de pegado normal, porque desconocía lo que ha explicado El_Patas, y funcionaron correctamente.
Para convertir los saves para usarlas en el pcsx2, hay una utilidad llamada mymc que permite hacerlo. Si no recuerdo mal, la forma de funcionar era elegir una memory card creada previamente con el emulador y una vez abierta, darle a importar y elegir el save deseado.
Saludos