Solucionado, si es compatible.
Lo que pasa es que cuando lo formatee nuevamente como particion primaria, y no me salia eso de poner como activa, me mosqueaba mucho.
Me fijado que no se porque en lugar de estar en MBR, estaba en GPT y por eso no me lo reconocia luego le puse como partición activa y por fin me funciona nuevamente el pendrive en la PS2 como hace años, me parecia muy raro porque hace unos años tuve que preparar una memory card con Free McBoot y use ese pendrive, además que hice una copia de varios SAVE's de varias memory cards a ese pendrive para pasarlas al PC.
Edito: es una pena que hace años tire un disco duro IDE ahora que he visto que me serviria para ponerselo a la PS2 gorda, usando un adaptador.