SI, la última versión de firmware de Nintendo es 4.3v2.
SI, se puede cargar backups con esa versión
Puedes actualizarla primero a la última versión y luego instalar lo demás, como el homebrew channel.
El problema es que tendras que usar un exploit como LetterBomb ya que el HBC que tienes si no es alguno de las 2 últimas versiones será borrado.
Lo mejor y mas recomdable es instalar la última versión del HBC y actualizar, pero también se puede de la otra forma.