Puede hacer con su dinero lo que quiera.
Aunque el hecho de tener un inquilino no le ha añadido o restado valor al inmueble, si se ha usado de manera normal, en el precio del alquiler el arrendador tiene que preveer unos gastos por desgaste por uso del inmueble y, por tanto, las mejoras/reparaciones del mismo ya están incluidos en lo que se está gastando el inquilino.
Si, por otra parte el inquilino realiza reparaciones o mejoras que dan valor a la vivienda, sí me parecería lo más normal del mundo que el arrendador pague o descuente una parte del alquiler, al inquilino (y no a posteriori cuando venda la casa).
Más bien lo que ha hecho el arrendador en éste caso, es hacer partícipe al inquilino como si la vivienda hubiera sido también parte del patrimonio del inquilino durante el tiempo que ha estado hospedado, es como si le hubiera vendido un trozo de la vivienda que, al acabar el contrato de alquiler, se lo ha vuelto a comprar el arrendador y, ahora, le está pagando las plusvalías.