1.-
Si instalas un ebuild en el overlay y luego borras el ebuilds es nomal ese 'warning' (que no error). Deja el ebuild como estaba o desinstala el programa y desaparecerá.
2.- añade -t para ver de quien es dependencia y sabrás por qué se esta inetantano instalar (seguramente sea por alguna USE), y de paso, deja de usar -D que solo sirve para tener actualizaciones inecesarias, aumentar el ancho de banda consumido en los mirrors y hacerte perder tiempo compilando cosas que no necesitas.
Saludozzzzzzz