Yo he probado 6 o 7 softwares para pasar a MP4 (para el movil y psp), y me quedo con el SUPER.
Si, es facil de manejar.
Seleccionas el contenedor de salida (mp4, o 3gp para el movil), el codec (mpeg4 o h263/264 si lo soporta el dispositivo), el codec de audio, y las opciones de codificacion, a tu gusto.
Finalmente arrastras los archivos que quieras convertir desde el explorador a la ventanita de abajo, y le das a encode.
Haz pruebas con varios videos y te quedas con las opciones que mas gusten.