Pues te vas al administrador de discos en: panel de control -> herramientas admin -> admin de dispositivos, buscas admin de discos. Ahí te deberia salir tu disco duro de tu PS2 que quieres pasar a FAT32 o NTFS con una interrogante (no reconoce el formato), haces botón derecho y formateas.
Esta es una pregunta que va en el foro PC, más bien, no? xD
