Es normal que tras instalar el jtag el dash cambie a una version mas reciente, esto fue debido a que esa version de freeboot instalaste. Aun asi tendras que actualizar a otra version por ejemplo la 2.0.13599 ya que con esta podras correr los juegos mas nuevos. Puedes actualizarla utilizando el programa CMD Freebooter 1.2.3 el cual te generara una nand, una vez que la tengas actualizas por USB.
Vas por buen camino, no te preocupes, solo lee un poco mas acerca de como actualizar e instalar dashlaunch.