Puedes utiliza el norton ghost que es un programa que hace una copia del disco duro en un cd o dvd o varios y si el pc tiene un problema puedes restaurar el sistema desde esos discos.
Lo otro que me comentas se podria hacer metiendo todo el contenido de los cds en una carpeta y luego grabar el contenido de la carpeta en un dvd pero solamente podrias hacer esto si no existen ficheros con el mismo nombre dentro de cada cd.