Si te bajas un programa que te borre todo el $HOME, eso no es ningún virus, en todo caso malware o código maligno.
La definición de virus es un programa que pueda autoreplicarse, modificando comportamientos del sistema para permanecer oculto (tales como que al listar los procesos, el virus no salga listado). Esto no podría pasar bajo circunstancias normales en Linux, porque requeriría permisos de root, y como sabes muy pocos programas (y muy vigilados) se ejecutan como root. Incluso la mayoría de los daemons se ejecutan como un usuario sin privilegios.
Aparte el tema está de que no podría autoreplicarse, ya que ejecutándose como tu usuario, no podría escribir otros binarios del sistema.