Me temo que es lo segundo...
Algo que puedes hacer para ahorrarte trabajo es exportar tu ODT a HTML, lo cual automáticamente te generará todos los archivos jpeg/png con las gráficas, y después insertarlas a mano en LyX, y otra opción es, una vez que lo tengas en HTML, uses htmltolatex:
http://sourceforge.net/projects/htmltolatex/Esto te convierte el HTML a un fichero .tex que puedes importar desde LyX (Archivo -> Importar -> LaTeX (simple)). Si tienes el .tex en la misma carpeta que las imágenes, todo funcionará bien. Eso sí, puede que haya algunos errores de formato que no dejen a LaTeX compilar (cambios de línea y cosas así), y las imágenes estarán insertadas pero no en flotantes... aunque eso sería simplemente crear un flotante donde cada imagen, cortar la imagen y pegarla dentro... es cosa de trastear para dejarlo a tu gusto
Otra cosa, desde Archivo -> Importar -> HTML se puede hacer que LyX convierta automáticamente POR MEDIO de htmltolatex, el problema es que no sé dónde hay que meter el htmltolatex.jar para que LyX lo encuentre sin configurar nada raro, así que yo las veces que lo he usado ha sido por línea de comandos.
Un saludo y suerte!
EDITO: Acabo de encontrar esto:
http://sourceforge.net/projects/writer2latex/Funciona bastante bien. De nuevo, te tocará toquetear alguna cosa, pero al menos te ahorras el HTML, prueba a ver qué tal te realiza las conversiones