Los programas, en el proceso de instalación suelen dejar escoger la ruta donde quieres que se instalen.
Basta con cambiar la unidad de destino de C: por D:
El programa de instalación ya copiará en el disco duro C: (el del sistema operativo) lo que sea necesario y el resto en D:
Si te refieres a los archivos de datos (Documentos, Fotos, Imagenes, Descargas....), yo siempre cambio la ubicación por defecto en C: por D: desde Propiedades-> Ubicación de dichas carpetas.