Yo llevo mucho tiempo con la 3.4E y no se me ha actualizado sola. Únicamente la he actualizado cuando un juego me lo pedía.
Posiblemente, lo de las actualizaciones automáticas tenga que ver con las incluidas en los juegos por la cosa de mejorar la experiencia del usuario. Pero no tengo constancia de ningún juego que actualice sin preguntar.
En cualquier caso, ahora mismo está la versión 4.2 y sigue siendo modificable para que puedas cargar tus backups y software casero. Si se actualizase, no debería causarte mayor problema que el de volver a tener que instalar HBC y demás.