como te dicen más arriba, tu problema tiene solución, no es simple, pero la tiene.
Haz varias pruebas:
- Normalmente en las opciones de los reproductores tienes una opcion para formatear los subtitulos (cambiar color, tamaño y fuente), intenta trastear desde ahi para encontrar un formato que te agrade (eso si, olvidate de los subs de colores para cada personaje)
- mete un video con los subs a parte y mira si los coge y si se mantiene el problema.
- Si con subs flotantes (dentro del contenedor o sueltos en otro archivo) no se te arregla, deberás incrustarlos. Eso es bastante laborioso y, como dicen más arriba, implica reencodear el video, con lo que si no sabes lo que haces, puedes perder mucha calidad de la imagen. Si te decides por esta, busca en google "incrustar subtitulos en un avi"
- Conecta el PC a la TV, dependiendo del ordenador y de la tele necesitaras un cable u otro, informate.
- De ultimas siempre puedes tirar de otros aparatos para conectar a la tele (a dia de hoy todos los reproductores Bluray leen MKV, cualquier dispositivo que funcione con android o ios tiene XBMC u otros reproductores, hay aplicaciones para hacer streaming desde el pc hasta una videoconsola PS3 o X360, etc.