Si lo que te guarda es si la última vez seleccionaste 50 Hz. o 60 Hz. (en juegos que permitan 60 Hz, si juegas a uno de solo 50 no te modifica nada).
Si la última vez seleccionaste 50, la próxima vez el juego cargará automáticamente a 50 sin que salga la molesta pregunta. A MENOS QUE PULSES EL BOTON B MIENTRAS CARGA EL JUEGO, en cuyo caso aparecerá la opción de seleccionar 50 ó 60.
Si la última vez seleccionaste 60, la próxima vez que juegues a un juego compatible con ambos modos te aparecerá el molesto menú de elegir 50 ó 60, con la opción de 60 seleccionada (por lo que solo hay que apretar al A), y seleccionará automáticamente 60 Hz. al pasar unos 10 segundos sin darle al A.
NO EXISTE NINGUNA FORMA DE QUE SALGAN LOS JUEGOS SIEMPRE A 60 SIN QUE APAREZCA EL MOLESTO MENÚ. Si quieres los juegos a 60 te tienes que tragar la pantallita siempre. Lo cual hace que a veces acabes hasta los cojones y prefieras poner 50 Hz siempre con tal de que no salga la molesta pantallita.