Los sistemas VMWare son totalmente seguros, ya que aislan el sistema completamente, y a no ser que tengas carpetas compartidas con el host, nada podrá afectarte, incluso aunque uses Windows.
De hecho, es lo que usan las compañías antivirus (y yo mismo) para probar programas "sospechosos".
Tranquilo, haz lo que quieras con la consola virtual, que no te afectará.
Si tienes dudas con un programa, haz una "snapshot", instala el prograna, y si te peta la vmware, restauras la snapshot y a correr
