Las 2 precaciones que tienes que tener son:
-Lo que ha dicho igusi2000 de que no debes ejecutar mas de un backup manager en cada sesion (si necesitas usar otro debes reiniciar la PS3)
Esto se hace para evitar conflictos entre ellos, para los programadores que crean los backup manageres es muy dificil evitar estos conflictos, y cuando suceden estos conflictos los problemas que pueden aparecer estan fuera de control (podria corromperse el hdd entero lo que te obligaria a formatearlo, se podrian dañar archivos del firmware, etc...)
-La otra cosa es comprobar que cada uno de los backup managers tiene un title_id diferente (lo de BLES12345, etc...)
No es muy normal que pase, pero como algunos backup managers son de codigo libre cualquiera puede hacerse su version. Si intentas instalar 2 backup managers distintos con el mismo title_id lo primero que hace la PS3 es mirar que version tiene cada uno... si el segundo es la misma version o superior se va a instalar junto con el otro, sobreescribiendo archivos y mezclandose entre ellos, y lo mas normal es que no funcione