Ese backup, lo has echo en la Flash del e3 flasher, no es la flash interna de la consola.
Algo mas has tenido que hacer, puesto que eso, es para copiar tu flash a la flash del e3 para hacer dual flash. te deberia de encender bien aun asi.
Prueba a sacar el disco duro, y mirar si te enciende y te pone que no se encendio el disco duro... y prueba a encender con el 2 pin arriba, solo ese, para que encienda con esa flash. pero vamos, que segun lo que hicistes... no te pasaria eso, algo mas harias... da mas detalles que mas has tocado.
Que firmware tenias, da mas detalles, te deja entrar en flash fun (primer pin subido) en ese modo prueba ha hacer una copia de la nand, los demas bajado, y una micro sd puesta...