Buenas, eso me pasó a mi con el uncharted 3 al pasarlo a interno mediante ftp, y descubrí después que el programa no había pasado toda la información del backup a la consola (en algún momento dejó de funcionar sin que yo me enterase), pero si la suficiente como para que este arrancara. Mi consejo es que borres el backup que tienes en el hd de la ps3 y vuelvas a intentar instalarlo (si es mediante un hd usb mejor), y si aún así te sigue dando problemas puede ser que el propio backup esté incompleto.