eso es facil, se supone que los archivos *.00* son binarios que graba directamente el cd.
prueba a concatenarlos.
en windows abre un simbolo del sistema (un msdos) y posicionate en la carpeta donde esten los archivos 00* (ojo, que esten solo esos) y escribe
copy *.0* salida.000
lo que esta haciendo es cojer los archivos 00* (en este caso solo he puesto un 0 por si llegara a exisir un *.010) y pasandolos a un archivo (salida.000)
en linux seria algo como
cat [archivos separados por +] > salida.000
[EDITO] se me olvidaba, luego, si usas un archivo.dvd deberias quitar todos los archivos sobrantes de la lista de archivos a grabar (usando el editor de textos)