Más concretamente, lo que tienes que hacer en el Virtual Dub es abrir el primer avi, y una vez hecho ésto, File -> Append Avi File, y a Save Avi finalmente. Ten cuidado porque tienen que tener el mismo códec de audio y todos esos rollos...
MaxVB, a lo de recomprimir se refiere a que pueda juntar los vídeos sin tener que codificarlos de nuevo, simplemente juntarlos tal y como están. Para ello, basta con dejar el Video y Audio en Direct Stream Copy.
Un saludo.