Aterrizas en un planeta con forma de anillo, buscas los supervivientes de tu bando y allí luchas contra el Covenant. Más tarde descubres a los Flood en unas instalaciones antiguas y te acabas enterando de que Halo es un arma capaz de destruir todo ser vivo en nosecuantas galaxias a la redonda. Halo fue creado por los Forerunners para controlar a los Flood, que por eso lo custodian, para que nadie se los cargue. Al final te cargas ese Halo, pero te enteras de que hay muuuchos más.
Guerra civil dentro de el Covenant o Pacto, manejamos al inquisidor, que trata de reducir a los revolucionarios, pero más tarde es traicionado, junto con toda su raza (élites) por el Pacto, y los Brutes ocupan su lugar, despreciándolos. Los Elites se acaban pasando al bando de los humanos.
El jefe maestro buscará la muerte de los profetas. Acabará con uno con sus propias manos, otro morirá por el ataque de un Flood y el último escapará. Acabas aliado con el Inquisidor. Al final entras en unas instalaciones protegidas por el Flood, relacionadas con Halo. No recuerod muy bien esa parte... Sé que entre otras cosas, pierdes a Cortana.
Eres el novato, manejas a todo el pelotón en Flashbacks, cuenta la historia de cómo este pelotón de ODST consiguió la información del Superintendente (una IA brutal que contiene toda la información de Nueva Mombasa), que había absorbido un ingeniero, que es una especie de raza animal. Al final puedes ver como El Pacto ha encontrado lo que quería, y está bajo Nueva Mombasa, están destruyendo los edificios y realizando excavaciones a gran escala para destapar algo... El Arca
Debes acabar con el Pacto, o lo que es lo mismo, con el profeta que queda vivo y lo que sea que tengan entre manos. El Flood llega a la Tierra, la salvas (en resumen), y viajas a El Arca, donde el Covenant lo activa y se abre un portal que lleva a un planeta donde se encuentra el control del sistema Halo, es decir, de todas las armas que hay. Allí acabas con el último profeta y un flood se lo pimpla. Al salir, Cortana te deja un mensaje que te lleva a descubrir un nuevo Halo en construcción en el que se ha hospedado Gravemind, el jefazo de los flood, su mente. Dentro, rescatas a cortana y crees destruir a Gravemind. Vas al centro de control del sistema Halo, donde el que desde el primer Halo veremos, ese robot volador con forma de ojo llamado "Guilty Spark", se revela contra nosotros, ya que aunque nos ha ayudado, no sabía que pretendíamos desactivar el sistema. Su cometido es protegerlo e intentará acabar con nosotros. Por último, activamos el sistema de autodestrucción del sistema, y del planeta, y huimos de él al estilo del primer Halo.
Su cometido es realizar el "Gran Viaje", lo cual para ellos es activar Halo y matarnos a todos, en resumidas cuentas.