No sé si confundes terminos, una cosa es actualizar la consola y otra es copiar el update que trae el juego al extraerlo desde fsd.
Por copiar esa carpeta no ocurre nada, pero por actualizar tu consola con un kernel oficial en vez de con el GGbuild si que la jode y para recuperarla necesitarias un nand dumper.
Si instalas los dos discos del Max o de cualquier juego es normal que fsd muestre dos caratulas, quita la del segundo disco con "Y" - Mover - Sin seccion y ya no te la mostrará más, eso si, para recuperar esa caratula tendrás que reiniciar todo el fsd.
Saludos.