No ocurre nada por dar el "tirón del cable", no es lo más aconsejable, pero la cuestión es que a veces un timeout en la transferencia hace que sea la única opción. Como digo podría ser malo por el daño físico (aunque sean 12 voltios los que alimentan a Wii, es una tensión baja), pero por el aspecto del software no os debéis de preocupar, es una simple descarga que se está almacenando en memoria, la instalación de esta descarga se realiza al finalizar ésta, en pocos segundos (en este momento sí sería peligroso apagar).
Saludos.