Si, se borrará el canal y probablemente, aunque lo metas en la SD, después no podrás volver a meterlo, aunque puedes probar.
Formatear además no te solucionará ningún problema que tengas con tu Wii, pues no borra tickets ni nada, borra solo los canales, las partidas, los Miis y creo que pone a 0 el diario (aunque siempre quedan logs de lo que había antes).