El AutoGG como tal no es posible ejecutarlo en linux por sus dependencias a múltiples librerías que no han sido portadas a Wine o derivados.
Sin embargo, AutoGG es un entorno visual para ejecutar muchas otras herramientas que sí pueden estar disponibles en linux (leer/escribir NAND, parchear NAND, etc...).
Mi consejo: instala un entorno de virtualización (VMWare, Virtualbox, KVM) y ejecútalo todo desde allí (lo mismo para la gente con Macintosh).