solo tienes que reemplazar los archivos y carpetas viejos como una actualizacion normal y ejecutar la tarjeta con un dsi o ds, eso es todo pero descarga un nuevo kernel o has un backup de tu kernel actual porque no podras usar la actualizacion para ejecutar backups, ya que termino de sobreescribir el firmware cambia el kernel por el que descargaste o por el que tenias anteriormente y ya podras usarla en tu 3ds.
y no vayas a apagar la consola cuando este sobreescribiendo el firmware porque joderias tu cartucho.