Solución un poco bestia:
una vez encendido y funcionando los dos monitores, reinicia las X con Altgr + Imprm pantalla + K. Luego tendrás que volver a meter la contraseña para entrar, pero en mi caso la pantalla del portátil se quedó apagada y sólo se encendió el monitor secundario. A mi fue lo que me pasó. No se si tuvo algo que ver que antes de reiniciar las X, tenía un "terminal" abierto, es decir, había hecho Ctrl + Alt + F1.
1 No se si se está forzando alguna cosa con este método.
2 No se si al meter la contraseña tenía los dos monitores encendidos, yo me di cuenta cuando ya llevaba un rato usando el ordenador.
3 Es un método farragoso en caso de que te funcione, tendrías que hacerlo cada vez que enciendes el portátil