Sólo has borrado la id, pero en una base de datos va a estar registrado seguro, por temas de seguridad o registros.
Nintendo pone en su página que si has registrado un nombre por equivocación, no te queda mas huevos que usar otro, esto queire decir que no hay manera de eliminarlos realmente y te jodas y hagas uno nuevo, perdiendo lo del anterior si no has hecho la estupidez de tener las dos consolas y poder transferir los datos.
Desde luego es BASURA el tema del Nintendo id, yo también estoy teniendo problemas con este tema, y estoy hasta los cojones. Mira que no poner un sistema normal como cualquier otro...la madre que los parió. Otra mas de las "Nintendadas".
Como último recurso, puedes llamarles, alegas ROBO de la consola y con suerte, en un mes te devolverán tu id original, hay gente que les ha funcionado, pero en la ruleta mágica de las Nintendadas nunca se sabe!