Ni idea, en mi caso el ratón jamás desaparece, de hecho quería borrarlo cuando estuviera en "modo mando" pero no encontré forma de hacerlo
Puedes cambiar entre modo ratón/mando con una combinación de botones, si mal no recuerdo, por defecto era con start+select simultaneamente, prueba con ello y me cuentas
Por cierto, llevo un año y pico usando el programa y jamás he tenido problemas con el, de hecho lo uso a diario y súper contento