No es que reparta el trabajo, es que aumenta la intensidad y la potencia máxima. Es un tema eléctrico puramente dicho. Los datos no se reparten entre los 2 USB: los datos sólo entran por un USB, la electricidad por los 2.
No me voy a poner a explicar los conceptos de electricidad pero el asunto es que a día de hoy los discos duros de 2,5" necesitan una cierta potencia para funcionar, que debe estar cerca de la potencia máxima de un puerto USB 2.0 según la especificación de USB. Seguramente Nintendo sabrá que sus puertos USB no cumplen al 100% la especificación y la potencia máxima que dan o bien es inferior o no es estable; lo cual se traduce en una insuficiencia de alimentación que a su vez se convierte en desconexiones erráticas, mala lectura del disco, lectura lenta, o incluso que el disco no llegue a arrancar haciendo ruidos.
Al conectar una alimentación externa, conseguimos que esa potencia sea constante y con ello mantenemos el disco en estado óptimo de ejecución. Al conectar un cable en Y seguimos sufriendo del problema anterior, pero como estamos usando dos puertos, la potencia máxima se ha duplicado. Mientras la potencia que estén proporcionando los dos puertos juntos sea superior a la potencia que requiere el disco para funcionar, todo irá bien.
Yo llevo usando un viejo disco duro de 2.5" IDE de 160GB conectado en un sistema similar al del cable en Y y de momento ahí sigue, funcionando a las mil maravillas.