Si el equipo tiene lector óptico puedes pasar el disquete a CD y hacer que arranque como algo así como un disco floppy virtual, eso lo ví haciendo hace ya unos años con Nero Burning en Windows y me suena que vi que también podía K3b en Linux, supongo que otros programas de grabación de discos ópticos podría tener la habilidad.
El tema ya de hacerlo desde USB es lo que no veo claro. La opción hubiese sido Freedos pero dices que no te rula la utilidad en el.