Yo no he probado, pero me imagino que si no se pudiese usar el espacio ocupado por el propio Clonezilla (por ejemplo que esté en fat32), se podrá a las malas hacer una partición extra en el pendrive. (en ext4 por ejemplo u otro formato que no tenga limite de 4gb por archivo como la Fat32)
El Pendrive me imagino que será rápido de escritura, porque como sea de los malos a 13mb/s se te va a hacer muy largo.