Que yo recuerde, el fsck.vfat no puede defragmentar discos, de hecho me acabo de repasar el man para ver si había algo que hiciera referencia a ello, y no hay nada.
Me temo no poder dar más soluciones, no uso fat32 en ningún disco por lo que nunca me he molestado en buscar algo para desfragmentarlos en linux.
Salu2.