Es que el problema es que no tiene el mismo sistema de ficheros, vamos que no esta colocados como el cave story+ hay que entrar al cave story normal que tengáis e ir a la carpeta data/stage, copiar todo estos ficheros y os vais en Cave Story+ a Data/Base/Stage y copiáis ahí todo remplazando los ficheros que hay y ya esta.
Tampoco aconsejo utilizar la traducción de ShySpy esta demasiado currada, y los caracteres añadidos no se van a ver, asi que es preferible coger una traducción sin acentos.
Saludos.