La utilidad que tienen es que puedes "avanzar" en el job de ese personaje, conservando los MP que tienes y la estructura de maestro/discípulo.
Yo cada vez que podía avanzar dos job o así los transmigraba. Total, los metes en el Item World y ale a subir niveles...
Ojo, hablo de los genéricos (guerreros, pistoleros, ladrones, etc.). No le veo la utilidad de hacérselo a Laharl o Etna, por ejemplo.