Yo personalmente, recomiendo siempre relativos, pues de adapta a cualquier situación, como que la resolución sea muy grande o muy pequeña.
En el caso de que te refieres a posicionamiento y no a unidades de medida, también es recomendable el relativo.
Con las posiciones absolutas indicas un punto exacto, con las relativas, indicas un punto a partir de otro.
Por ejemplo, si pones una capa debajo de otra y pones que la segunda está a un top relativo de 50px, estará 50px más abajo del final de la primera, y si esta crece, la segunda bajará un poco para mantener los 50px de diferencia.
Si por el contrario lo pones a 50px absolutos, estará siempre a 50px del inicio de la página, indistintamente de si solapa o no otros elementos.