Pues será de la traducción mal echa, a mi me funciona Ok.
Es imprescincible que tengas desactivada la opción de "Pause when inactive window", lo de los controles distintos es recomendable, pero no imprescindible (hay veces que te llega con cambiar lo mismo en los 2 juegos, y con hacerlo en 1 sólo ya es suficiente); y finalmente está el asunto de los saves, generalmente cuando hago el link yo tengo 3 saves: el .sav (save original); el sa.1 (para la 1ª pantalla del emulador, no sé si usa este o el sav, nunca me molesté en comprobarlo:( ); y el sa.2 para la 2ª pantalla.
Si cumples esas condiciones, te debería linkar.