Que un pendrive sea USB 3.0 simplemente te dice cómo de rápida es la interfaz, pero una cadena sólo es tan resistente como su eslabón más débil. Quiero decir, que hay muchos pendrives USB 3.0 insultantemente lentos, y también suelen ser tristemente habituales porque la gente piensa que ha hecho el negocio del siglo ahorrándose un par de euros si llega.
Un buen símil creo que es pensar la velocidad de la interfaz como lo buena que es la carretera. Si tienes un coche rápido, desde luego que es interesante tener una autovía con 3 carriles en cada sentido, y que vas a llegar más rápido al destino. Pero si tienes una vieja moto que a duras penas anda, lo mismo te da tener una autovía que un camino de cabras.
Dado que incluso en el mejor de los casos con el programa que comentas me sale una velocidad media de transferencia de 3300MiB / 150 segundos = 22 MiB/s creo que el tuyo es justo ese caso, porque esto son velocidades de USB2.0 y tirando hacia la zona baja de la tabla.
Sobre cómo "rejuvenecerlo" puedes hacer un 0fill (o como alternativa un formateo a bajo nivel, que a efectos prácticos es similar) y recuperará gran parte si no toda la velocidad que tenía cuando era nuevo. Puede haber una ligera degradación de la velocidad con la escritura, pero la mayoría de lo que ves es mal garbage collection y que no está vacío (esto se nota mucho en los pendrives reguleros).
Yo personalmente nunca he usado este tipo de software. Los altos y bajos que se ven en las transferencias de windows suelen ser debidos a que primero se llena el búfer del disco (o pendrive) en cuestión, y luego ya se escribe a superficie, y lo primero suele ser bastante más rápido que lo segundo. Tampoco NTFS es el sistema de archivos más óptimo para memorias flash, habiendo cosas como F2FS o simple y llanamente exFAT. Probablemente haya cierto margen para optimizar pero mi experiencia es que con pendrives rápidos hay poco que ganar. Con pendrives lentos tú mismo has visto que puede mejorar sensiblemente la cosa.
...pero si me preguntas a mí con lo poco que vale un pendrive de marca medianamente fiable y que escriba como poco a 70-100MiB/s creo que lo mejor que puedes hacer es jubilarlo (o dejarlo para memtest o algo así, es lo que suelo hacer yo) y comprar uno en condiciones.
Saludos
