Haber si antes tenias instalado linux y te iba lento. Y ahora supongo que lo que quieres decir es que has quitado linux, por lo que has tenido que formatear y te a quedado todo limpito, por lo que es normal que te vaya más rápido ya que el disco duro no esta fragmentado. Supongo que lo que te ocurría es que tenías muy fragmentado el disco duro al igual que pasa con un pc. Con el tiempo los datos se framentan y se tarda más en acceder a ellos.
Tambien es posible que tubieras petado el disco.
Puede ser la causa?
No creo que linux afecte ya que son particiones completamente distintas.
P.D.: solo son suposiciones